阿不思·邓布利多教授（裘德·洛饰）意识到强大的黑巫师盖勒特·格林德沃（麦斯·米科尔森饰）正试图夺取魔法世界的控制权。邓布利多了解仅凭他一人之力，将无法阻止格林德沃，于是他委托魔法动物学家纽特·斯卡曼德（埃迪·雷德梅恩饰）带领一支精良的团队——成员包括男巫、女巫及一位勇敢的麻瓜面包师，来共同执行这项危险任务。一路上他们会遇到各式各样的神奇动物，既有老朋友，也有前所未见的神秘生物；同时他们也随时会与格林德沃不断壮大的追随者发生冲突。这次行动的风险是如此之高……邓布利多还能袖手旁观多久？

阿不思·邓布利多和盖勒特·格林德沃在一家麻瓜茶馆里短暂会面，并表达了彼此的感情。格林德沃发誓要摧毁麻瓜世界，但邓布利多谴责这个计划是疯狂的，说他曾经支持这个计划只是因为他年轻又愚蠢。

1932年，在中国桂林，纽特·斯卡曼德(NewtScamander)帮助一只麒麟(一种能够洞察灵魂和未来的神奇生物)分娩。格林德沃的追随者在克莱登斯的带领下袭击并杀死了母亲，然后绑架了新生儿。格林德沃杀死了这个生物，打算利用它的预知能力。他们不知道的是，麒麟有双胞胎，纽特救了其中较小的一个。

由于血盟而无法与格林德沃战斗，阿不思·邓布利多招募了纽特、纽特的兄弟忒修斯、伊尔弗莫尼魔咒老师拉利·希克斯、塞内加尔裔法国巫师优素福·卡玛、美国麻鸡雅各布·科瓦尔斯基和纽特的助手邦蒂来挫败格林德沃统治世界的计划。他们前往柏林，优素福被安置在格林德瓦的核心圈子里担任间谍。格林德沃已让奎妮·戈德斯坦使用取神术来测试优素福的可信度。尽管邓布利多试图以其他方式说服现任领导人安东·沃格尔，但国际巫师联合会(ICW)宣告格林德沃无罪，允许他参加ICW最高领袖的选举。

与此同时，格林德沃的助手们暗中破坏了德国魔法部，逮捕了忒修斯，并密谋暗杀巴西候选人维森西亚·桑托斯。邓布利多派遣纽特前往德国秘密巫师监狱“Erkstag”，忒修斯被关押在那里。拉利和雅各布在成功阻止暗杀后逃脱，但雅各布因试图谋杀格林德沃而被陷害，格林德沃随后证明镇压所有麻瓜是正当的。与此同时，克莱登斯与阿不思·邓布利多战斗，后者很快击败了他。克莱登斯得知自己是阿不思·邓布利多的兄弟阿不福思·邓布利多的私生子，并质疑他对格林德沃的忠诚。在其他地方，纽特和忒修斯逃离了议会大厦并使用门钥匙前往霍格沃茨。

巫师界领袖齐聚不丹，参加麒麟行仪式，届时麒麟将选出一位值得尊敬的新最高领袖。格林德沃使用死灵术复活了死去的麒麟，并知道邓布利多和纽特将把幸存的双胞胎麒麟带到仪式上，给了克莱登斯最后一次救赎自己的机会。为了阻止格林德沃的同伙，邓布利多的每个盟友都携带一个相同的手提箱，其中只有一个装有麒麟。

小队抵达不丹后立即遇到了格林德瓦的追随者。奎妮放弃了格林德沃并与雅各布重聚，但他们被捕了。被操纵的死麒麟在最高领袖选拔仪式上选择了格林德沃。他立即向所有麻瓜宣战，并用十字咒折磨雅各布直到桑托斯介入。克莱登斯、纽特和邦蒂揭发了格林德沃。拥有真正手提箱的邦蒂制造了幸存的麒麟，它经过格林德沃和沃格尔，向邓布利多鞠躬。邓布利多感到震惊，他感谢麒麟给予的荣誉，但让它相信还有另一个同样值得的。麒麟继续向桑托斯鞠躬，桑托斯被选为新的最高领袖。愤怒的格林德沃试图杀死同时受到阿不福思和阿不思保护的克莱登斯。邓布利多和格林德沃的咒语冲突打破了血契。他们随后的战斗陷入僵局，格林德沃幻影移形。

此后，阿不福思接受生病的克莱登斯作为自己的儿子，并带他回家。雅各布和奎妮在雅各布的面包店举行婚礼，团队的大部分成员和蒂娜·戈德斯坦都出席了婚礼。纽特发现邓布利多在街对面观看。邓布利多在消失在夜色中之前感谢了纽特。